В качестве формы таможенного контроля применяется также проверка системы учёта и отчётности.

Товары и транспортные средства, перемещаемые через таможенную границу РФ, находящиеся на складе временного хранения, а также заявленные в режиме таможенного склада и находящихся там, подлежат строгому учёту и отчётности со стороны таможенных органов.

На основании Таможенного кодекса РФ, владельцы складов обязаны вести учёт и представлять таможенному органу РФ отчётность о хранящихся товарах и транспортных средствах.

Мы уже рассмотрели ранее вопрос об ведении учёта и отчётности, там таможенными органами ведётся специальный журнал, на основании записей, сделанных и отмеченных в журнале, таможенные органы проводят учёт и отчётность. В положении о временном хранении1 сказано, что владелец склада временного хранения обязан предоставить отчёт о хранящихся или находящихся на хранении товаров и транспортных средств ежеквартально до 10 числа месяца следующего за отчётным. По письменному требованию уполномоченного должностного лица таможни владелец СВК обязан предоставить отчёт в течении 7 дней со дня предъявления требования. В Положении о таможенном складе 2 сказано, что владелец склада обязан не реже одного раза в три месяца предоставить отчёт о хранящихся на его складе товарах и транспортных средствах. .

В таможенном кодексе РФ указано, что таможенные органы РФ вправе проводить инвентаризацию товаров и транспортных средств, находящихся под таможенным контролем.